Zeleni ključ sodeluje tudi z drugimi nevladnimi in neprofitnimi organizacijami, ki se ukvarjajo s socialno problematiko in varovanjem okolja. Pri programu Zeleni ključ verjamemo, da je možno doseči visoko stopnjo trajnosti v turistični industriji, le s sodelovanjem strokovnjakov iz različnih področij, ki delujejo skupaj ter medseboj delijo svoje ideje in dobre prakse.